Về nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT thực hiện như sau:

– Trường hợp thuế GTGT đầu vào của hàng hóa chịu thuế GTGT bị tổn thất (do hư hỏng, mất phẩm chất) không được bồi thường thì được khấu trừ nếu đáp ứng về điều kiện khấu trừ theo quy định tại khoản 10 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC. Công ty phải có đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh các trường hợp tổn thất không được bồi thường để khấu trừ thuế theo quy định tại khoản 1 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC.

– Trường hợp hàng hóa chịu thuế GTGT bị tổn thất (do hư hỏng, mất phẩm chất) được bồi thường từ nhà cung cấp hoặc từ doanh nghiệp bảo hiểm, thì thuế GTGT đầu vào của hàng hóa chịu thuế GTGT bị tổn thất xử lý như sau:

+ Nếu giá trị bồi thường không bao gồm thuế GTGT của hàng hóa chịu thuế GTGT bị tổn thất, thì số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa bị tổn thất trên được khấu trừ toàn bộ nếu đáp ứng quy định tại khoản 1 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC và khoản 10 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC.

+ Nếu giá trị bồi thường có bao gồm thuế GTGT của hàng hóa chịu thuế GTGT bị tổn thất, thì số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa bị tổn thất trên được khấu trừ nếu đáp ứng quy định tại khoản 1 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC và khoản 10 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC. Khi nhận tiền bồi thường, Công ty phải lập hóa đơn GTGT (trên hóa đơn ghi rõ giá trị tổn thất được bồi thường chưa có thuế GTGT và số tiền thuế GTGT được bồi thường), Công ty kê khai, tính nộp thuế GTGT đầu ra tương ứng với số thuế GTGT được bồi thường.

– Trường hợp nhà cung cấp thu hồi lại lô hàng hóa hư hỏng trên để tiêu hủy và bù lại lô hàng khác cho Công ty, về bản chất đây là hình thức bồi thường của nhà cung cấp, Công ty căn cứ vào giá trị bồi thường thực tế phát sinh để kê khai khấu trừ thuế GTGT theo hướng dẫn nêu trên.