Trường hợp Công ty ký hợp đồng lao động với người nước ngoài có quốc tịch Nhật Bản là cá nhân cư trú tại Việt Nam trong năm tính thuế, cá nhân này có 2 nguồn thu nhập: thu nhập phát sinh tại Việt Nam và thu nhập phát sinh tại nước ngoài thì người lao động thực hiện khai thuế trực tiếp với cơ quan thuế đối với phần thu nhập do Công ty ở nước ngoài chi trả theo mẫu 02/KK-TNCN ban hành kèm theo Thông tư số 92/2015/TT-BTC.

Số thuế TNCN mà cơ quan chi trả tại Nhật Bản đã khấu trừ thuế theo quy định của pháp luật Nhật Bản được trừ vào số thuế TNCN phải nộp ở Việt Nam khi người lao động thực hiện quyết toán thuế TNCN tại Việt Nam, số thuế được trừ không vượt quá số thuế phải nộp theo biểu thuế của Việt Nam tính phân bổ cho phần thu nhập phát sinh tại nước ngoài theo quy định tại Điều 26 Thông tư số 111/2013/TT-BTC. Về hồ sơ quyết toán thuế TNCN, đề nghị Công ty hướng dẫn người lao động nói trên thực hiện theo quy định tại Điểm b.2, Khoản 3, Điều 21 Thông tư số 92/2015/TT-BTC .

Trường hợp cá nhân nêu trên có thu nhập phát sinh tại Việt Nam nhưng nhận ở 2 nơi: tại Công ty và tại Nhật Bản thì số thuế TNCN đã nộp tại Nhật Bản cho phần thu nhập phát sinh tại Việt Nam (nếu có) không được trừ vào số thuế TNCN phải nộp tại Việt Nam.